地球物理学家田所佑介博士（小林圭周 饰）带领团队前往深海进行科学研究，却在海底发现了不寻常的裂缝和泥石流。 经过一系列观察，他在一年后得出了日本列岛被淹没的结论。 然而，日本政府官员却认为田所博士的预言只是一个不值得相信的谎言。 只有首相山本（石坂浩二 饰）认识到事态的严重性，任命田所前妻高森纱织（毛大地 饰）为危机管理大臣，带领田所博士及其团队竭力拯救日本。 很快，以北海道为首的日本列岛发生了大规模的地质灾害，整个日本陷入了恐慌。 政府应对灾难无所适从，其仅有的海外移民政策完全无法应对迅速恶化的局势。 日本列岛彻底沉没的现实即将发生。 最终，田中博士和他的科考队员们终于找到了拯救日本的方法，但这个方法的实际操作却困难重重……本片改编自日本科普同名畅销小说 小说家小松左京。 该片耗资201亿日元，是近年来日本电影界投资最大、宣传力度最大的灾难片。
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