故事发生在东京八丈岛海岸附近，那里建有一个海洋设施，可以连接来自世界各地的警察监控摄像头。 在这项措施正式启动之前，来自世界各地的IT工程师来到现场，与欧洲刑警组织管辖的地区建立联系。 与此同时，使用人脸识别系统的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在花园的热情招待下前往八丈岛观鲸。 这时，柯南接到大木耀（赤井秀一饰）的电话，得知欧洲刑警组织成员在德国被金酒谋杀。 为了调查真相，柯南偷偷潜入黑田贝等警视厅人员准备执行警备工作的警备船，进入设施内。 此后，在正在稳步进行系统启动准备的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被黑色组织绑架，而她手中含有部分信息的U盘也落入了黑色组织手中。 在手里。 海里传来螺旋桨的怪异声音。 这时，八丈岛上的灰原爱，有一道黑影悄然逼近……
