2002年X档案发生六年后，前联邦探员达娜·斯卡利（吉莲·安德森饰）被调往教会医院担任医生，而福克斯·穆德（大卫·杜楚尼饰）则过着隐居的生活，继续关注超自然现象。 有一天，联邦调查局探员前来寻求帮助。 事实证明，一段时间以来，弗吉尼亚州有无数女性神秘失踪，其中甚至包括一名联邦特工。 由于约瑟夫神父（比利·康诺利 Billy Connolly 饰）声称见过犯罪画作，联邦调查局希望拥有丰富超自然案件经验的穆德和斯卡利协助调查。 然而，随着调查的深入，Mulder和Scully发现案件的黑暗远远超出了他们的想象。 这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……本片为同名美剧第二部剧场版。
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