一只全身闪烁红色的哥斯拉降落在香港，破坏了港岛和九龙的繁华商业区后离开。 后来，东京海底队因隧道机械主轴熔化而不断发生事故。 原来，哥斯拉身上的冷却系统遭到破坏，导致他体内的核破裂迅速激活，变成了一座行走的核工厂。 与此同时，东京水族馆发生了一件神秘事件——水族馆里的鱼被离奇杀死。 经过研究发现，这是由一些生活在两亿多年前的地下生物——迪西亚造成的。 在临海罪恶都市的中心，自卫队出动冰冻坦克与未知生物——迪西亚和哥斯拉作战。 此时，哥斯拉的体温终于达到了1200度，并可能引发毁灭全人类的核爆炸……
